文學院為成功大學之首院，其設立宗旨在因應時代潮流與社會脈動，配合國家長期發展，整合理論與實務，從事人文、語言及藝術方面之教學與研究；以培育通達人才，豐富生活內涵，擴展國際視野，認識多元文化，提升生命境界為目標。

理學院院以「窮理致知」為特色，是兼具基礎研究、跨域發展以及產學合作能力的學院。重視各理學領域基礎科目教學，訓練學生畢業後，除繼續攻讀理學院研究所之外，也可往各個應用相關領域繼續深造。理學院的教學目標是培養兼具人文素養、創新能力、跨領域學習，國際宏觀、社會關懷與卓越領導的自然科學專業人才。

國立成功大學於1956年正式設立商學院，於1980年更名為管理學院，現有5個學系、11個研究所、9個博士班、5個碩士在職專班，以及院屬高階管理碩士在職專班EMBA與AMBA經營管理碩士學位學程等教學單位，另設置國際學術交流中心專責國際交流事務，個案教學中心規劃產學合作及個案教學活動，APMR（Asia Pacific Management Review）期刊編輯中心負責英文期刊編輯業務。

國立成功大學工學院創立於1931年，為學校發展過程中重要的基石與支柱; 系所領域規模完整，以培育具有深厚理論基礎、創新實作能力、高雅人文素養、與宏觀國際思維，術德兼修之一流人才為教育目標。

國立成功大學電機資訊學院源自成立於1931年之電氣工程學系，承擔培育電機、電子、資訊與電信方面之產業及研究界極為殷切之高科技人才的重責大任，培育一萬多位優秀畢業生，貢獻台灣經濟奇蹟的創造，為配合台灣電資產業的快速成長，又因師生眾多且表現卓越，於2003年8月，由原工學院屬下相關系所正式成立「電機資訊學院」。

社會科學院正式成立于民國86年。本校以理工科起家且聞名，雖早在民國58年即成立了獨立的文學院，但三大科學領域之一的社會科學，卻始終未有機會生根，實屬憾事。 為了因應台灣民主改革、社會開放的客觀環境，並使成功大學正式邁入綜合大學的時代。

規劃與設計學院之教學及研究強調學術之實務應用，包括不同規模尺度空間與環境的規劃與設計，以及各種生活用品之研發與設計。各系基本之學理基礎即建立在本校長年以來所建立的理學、工學、醫學、管理學及人文社會科學之綜合學理上。

生物科學與科技學院積極結合醫學、理學、工學及電資學院相關系所進行跨領域合作，以增加「生科學院」教學研究能量，並積極完成「生科學院」教學研究團隊之組建與重整，藉由團隊整合凝聚研究發展方向與能量，發展成世界頂尖的研究型學院。

醫學院與醫院毗鄰而設，基礎與臨床教育融合一體，為一所學術自由、創造力蓬勃的醫學院，與其他醫院相比，師資及課程安排多元化，亦充分享有綜合大學豐富且多樣的社團活動，是一所注重人文修養與藝術薰陶的醫學院。

全校不分系學士學位學程之成立是考量環境快速變遷，尊重學生多元化選擇，為每個進入本班的學生量身打造一套差異化學習，以培育具有宏觀視野、專業素養、終身學習能力與社會關懷之高科技創新與未來領導人才為目標。